Санкт-Петербургский научный институт физической культуры был создан в январе 1933 года на базе Государственного института физического образования имени П.Ф.Лесгафта.
Изначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.).
21 ноября 2017 года в Боулинг Центре «Русское Поле» состоялся традиционный VIP-турнир по боулингу на кубок Специального Олимпийского Комитета Санкт-Петербурга. Сотрудники ФГБУ СПбНИИФК во главе с директором института Воробьевым Сергеем Алексеевичем приняли активное участие в соревновании.
25-26 сентября 2017 года состоялся IV Всероссийский Конгресс «Оказание помощи семьям с тяжелобольными детьми. Новые возможности».
С 22 по 25 февраля в Ханты-Мансийске состоялась Всероссийская научно-практическая конференция «Вопросы организации совместных (инклюзивных) занятий физической культурой и спортом лиц с ограниченными возможностями здоровья и здорового населения».
В соответствии с Постановлением Президиума ЦИК СССР от 27 июля 1932 года на базе Государственного института физического образования (ГИФО) им. П.Ф. Лесгафта в январе 1933 года был создан Научный институт им. П.Ф. Лесгафта, впоследствии - Ленинградский научно-исследовательский институт физической культуры (ЛНИИФК).
Первоначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.)
